层流手术室净化是一个具有较多专业功能的综合实体，现如今越来越广泛地被应用到医疗卫生事业当中。对层流手术室良好的运作，能够达到非常理想的使用效果。较之于传统非洁净手术室，层流手术室与其具有几点不同：
控制概念：层流手术室的控制为“全过程控制”，不单是“患者不感染”的结果;传统非洁净手术室依赖药物控制，达到“患者不感染”的结果。
控制要求：层流手术室整个手术过程中要切断所有污染途径(包括空气)，阻止细菌接触切口;传统非洁净手术室依靠药物消毒环境，患者服用大量的抗生素。
控制思路：层流手术室采用的思路是“预防”措施;后者的思路是“补救”措施。
效果：手术室能够“控制全过程”，防止细菌进入人体，药物是补助手段，达到患者受损伤最小的结果;传统非洁净手术室内细菌已经进入并损伤人体，再靠药物去控制感染，只体现一个“结果”，而“控制过程”已经失败。